Внутренние проверки специалистами Минприроды России системы ООПТ федерального значения на предмет соблюдения законодательства, в том числе об ограничениях на государственной службе и соблюдении антикоррупционных норм, проводятся по поручению Министра природных ресурсов и экологии РФ Дмитрия Кобылкина с начала 2019 г.
В настоящее время подведены промежуточные итоги проверочных мероприятий. Есть выговоры, предупреждения и увольнения директоров ФГБУ.